Могут ли два МТ4 мешать друг другу?

Нет.

При наличии нескольких МТ4 от разных ДЦ каждый устанавливается в отдельную папку, что приводит к путанице с индикаторами/советниками (если используются нестандартные или, тем более, меняются в процессе отладки и т.п.) Отсюда - было бы лучше, если бы все МТ хранили свои настраиваемые/изменяемые файлы (profiles, templates, experts) в юзерской папке Мои документы (общей для всех МТ4), а не в Program files.
P.S. По сути, это не проблема, а, скорее, неудобство, и, в основном,  касается пользователей Метаэдитор.

> тем более, меняются в процессе отладки

Вы указали верную фразу, любое ПО меняется в процессе разработки и отладки. И любому разрабочику требуется тестовая среда, будь то виртуальная машина (MS Virtual Server, VMWare), тестовый SQL сервер баз данных и т.д. Поэтому идея хранить все коды индикаторов и экспертов общими вряд ли хороша - на реальном счёте у Вас работает стабильная версия, а в демо терминале Вы пишете новую, необкатанную, т.е. тестовую версию. Вряд ли Вы захотите после нажатия F5 (компиляция) получить эту свежеиспечённую версию на обеих терминалах, т. е. на рабочих счетах.
Когда человек копирует нужные файлы руками, он как минимум осознаёт и сам делает процесс переноса с тестовой среды на рабочую. Если Вас утомляет сам процесс многократного копирования, напишите простейший .bat, .cmd или .vbs скрипт копирования файлов, например, через Windows утилиту xcopy. Но лучше контролировать этот процесс и иметь, как и сейчас, "раздельное питание" копий терминалов.

Всё-таки этот вариант мне кажется более предпочтительным. Отладочный эксперт можно и назвать "Отладочным", но если он проверен, то на всех МТ4 его удобнее запускать из одной папки редактирования, а не копировать каждый раз во все папки "боевой" вариант.
И вообще, насаждение программистами своих Файл, Вид, Правка это уступка трейдерами Валюта, Ордер, Индикатор...

у меня в экспериментальной копии мт за 500 индикаторов и за сотню экспертов, весело бы было, если бы это все глаза мозолило в рабочей копии мт.

Что Вам посоветовать? Оставить одного эксперта и 5 индикаторов? Вам будет скучно. А так Вам, наверное, весело :-)

Мне не весело и не грустно, я экспертов на заказ пишу.

А разве можно запустить одновременно несколько экземпляров программы МТ4, если да, то как? А то охото и тестить на демо-счете и играть в реале одновременно, а сейчас приходится выбирать.

Да, просто инсталлируйте их в разные каталоги.